1999年7月1日，学校印发《北京大学关于成立学部学术委员会的通知》（校发[1999]86号），设立人文学部，袁行霈担任首任学部主任，赵敦华、申丹担任学部副主任。

2009年4月21日，学校印发《关于人文学部班子任职的通知》（校发[2009]75号），聘任袁行霈为北京大学人文学部主任，申丹、叶朗为北京大学人文学部副主任。

2016年4月12日，学校印发《关于人文学部班子任职的通知》（校发[2016]59号），聘任申丹为北京大学人文学部主任，阎步克、张旭东、李四龙为北京大学人文学部副主任。

2017年4月25日，学校印发《关于阎步克、王奇生任免的通知》（校发[2017]89号），学校研究决定聘任王奇生为北京大学人文学部副主任，同意阎步克辞去北京大学人文学部副主任职务。

2017年9月29日，学校印发《关于廖可斌、张旭东任免的通知》（校发[2017]203号），学校研究决定聘任廖可斌为北京大学人文学部副主任，同意张旭东辞去北京大学人文学部副主任职务。

2020年9月23日，学校印发《关于王立新、王奇生职务任免的通知》（校发[2020]175号），学校研究决定聘任王立新为北京大学人文学部副主任，免去王奇生的北京大学人文学部副主任职务。

2022年4月19日，学校印发《关于人文学部班子任职的通知》（校发[2022]85号），学校研究决定聘任申丹为北京大学人文学部主任，李四龙、王立新、吴晓东为北京大学人文学部副主任，任期三年。原班子成员自然免职。